日本的商标授权确权制度的基础是注册主义，同时杂糅和借鉴了部分使用主义的规定。日本商标注册与中国商标注册一样，实行“申请在先”原则，即两个或者两个以上的商标注册申请人，在同一种商品或者类似商品上，以相同或者近似的商标申请注册的，初步审定并公告申请在先的商标。

日本商标注册与中国商标注册一样，需要经历商标申请提交、商标形式审查、商标实质审查、商标公告、核准注册等流程。

日本商标审查主要内容有如下几点：

(1) 必要档的形式审查；

(2) 申请内容是否清楚明确；

(3) 申请类别，确认所有的商品服务指定在正确的类别；

(4) 是否有说明性；确认该商标是否单纯描述其提供之商品服务功能；

(5) 是否有识别性；使一般消费者能够辨别或购买商品服务；

(6) 是否有虚伪诈欺情事；确认该商标是否有虚伪诈欺等不法情事；

(7) 是否与在先商标、在先提出的商标申请案或者是否有在先的未登记权利有冲突；

(8) 商标是否违反公序良俗；

(9) 未经与许使用他人名字、昵称、或者广为人知的笔名、艺名等等；

(10) 该商标与过去一年内失效的相同或者近似；

(11) 该商标与已经被使用的米类名称相冲突；

(12) 该商标有可能误导该商品服务的质量。

审查内容如果未通过审查,绝对事由和相对事由，则审查人员必须向申请人发出驳回通知，同时通知其在一定期限内有提出意见的权利来进一步说明自己申请的商标，提起意见书制度可以为审查人员进一步判断提供更多的参考。

如果通过审查，则申请商标予以注册并进行公告。日本也重视商标的使用问题，在审查过程中，审查员可以要求商标申请人提供真实使用商标的意图的证据，该制度可以有效减少缺乏使用意图的商标抢注行为。

商标公告期可以提出异议，异议理由和异议人的主体资格均无限制，异议受理部门特许厅审判部，实行行政一审。经审理认为异议理由不成立的，直接判决维持注册，无需被异议人答辩；认为异议理由成立的，则向被异议人发出撤销理由通知，才由被异议人陈述意见，然后做出维持或者撤销的判决。